La Dirección General es la responsable de dirigir las acciones del Instituto para la efectiva ejecución de la Política Migratoria y la prestación de servicios migratorios de conformidad con el Código de Migración y la legislación vigente, representa la máxima autoridad de la institución.

La Subdirección General es el órgano responsable de ejecutar, implementar y coordinar todas las acciones que deriven de las funciones de administración superior, procurando la modernización de los servicios, el respeto a la normativa vigente, el fortalecimiento institucional y la profesionalización del recurso humano.

La Subdirección de Atención y Protección de Derechos Fundamentales de los Migrantes, es la responsable de disponer las acciones necesarias para la asistencia y protección de las personas migrantes, en especial de los niños, niñas y adolescentes no acompañados, familias y mujeres embarazadas. Así mismo, asistir a los solicitantes del reconocimiento del estatuto de refugiado, a los refugiados, solicitantes de asilo político y del estatus migratorio extraordinario.

La Subdirección de Extranjería es la encargada de centralizar la información relativa a la emisión, registro y control de residencias y visas en coordinación con el Ministerio de Relaciones Exteriores cuando corresponda, luego de verificar la autenticidad y validez de la información y documentos requeridos de acuerdo a lo establecido en el Código de Migración y reglamentos específicos.

Es la responsable de controlar y registrar el ingreso y egreso de nacionales y extranjeros del territorio nacional, conforme a las disposiciones del Código de Migración, legislación nacional vigente, el presente reglamento y arreglos internacionales de los que el Estado de Guatemala sea parte, a través de los puestos fronterizos migratorios nacionales, en las vías aéreas, terrestres o marítimas. Para los extranjeros implica la vigilancia del cumplimiento de las disposiciones legales respecto a su ingreso, egreso, permanencia y actividades en el país con excepción de los puestos fronterizos migratorios entre países con los que se haya suscrito o se suscriba tratados o convenios de libre tránsito de personas.

Es la responsable de establecer los procesos y sistemas necesarios para emitir en forma segura, eficiente, diligente y consistente los documentos de identidad y de viaje de guatemaltecos y extranjeros que estipula el Código de Migración, así como de las personas en estatus extraordinario y especial migratorio.

La Subdirección de Planificación es la responsable de dirigir y coordinar el proceso de planificación, programación, evaluación de los planes estratégicos, planes operativos anuales y multianuales incluyendo programas y proyectos de cooperación nacional e Internacional para la mejora continua de la ejecución de la política migratoria, el presupuesto asignado y fondos extrapresupuestarios provenientes de la cooperación.
Asimismo, dirigir y coordinar los mecanismos pertinentes para la elaboración o actualización de los manuales administrativos y memoria de labores del instituto.

La Subdirección de Planificación es la responsable de dirigir y coordinar el proceso de planificación, programación, evaluación de los planes estratégicos, planes operativos anuales y multianuales incluyendo programas y proyectos de cooperación nacional e Internacional para la mejora continua de la ejecución de la política migratoria, el presupuesto asignado y fondos extrapresupuestarios provenientes de la cooperación.
Asimismo, dirigir y coordinar los mecanismos pertinentes para la elaboración o actualización de los manuales administrativos y memoria de labores del instituto.

La Subdirección Jurídica es la responsable de conocer y sugerir al Director General del Instituto las decisiones en los casos de solicitudes de asilo, refugio y en aquellas de estatus extraordinario migratorio. De igual forma, debe dar acompañamiento permanente a toda la estructura orgánica del Instituto. Se entenderá por acompañamiento permanente a las acciones legales, de defensa legal, procuración, asesoría legal, registro y archivo que se deriven de los procesos en material laboral, penal, administrativa, constitucional, migratoria y cualquier otra materia de Derecho. Es la encargada de asesorar a las autoridades del Instituto, así como a los Subdirectores y jefes de departamentos, en materia legal, migratoria y administrativa.

Es la responsable de diligenciar la recepción de denuncias contra empleados y funcionarios, realizar las investigaciones y determinar la procedencia de apertura de procedimiento administrativo disciplinario. En caso de que se determine la posible comisión de un delito, debe comunicar al Director General para la realización de la denuncia ante el Ministerio Público.

Es la dependencia del Instituto, encargada de coordinar y administrar los sistemas de presupuesto, contabilidad y de tesorería; además es la responsable de analizar, controlar y evaluar la ejecución presupuestaria, gestionar eficientemente la utilización de los recursos financieros y elaborar los estados financieros en forma oportuna para la toma de decisiones.

La Subdirección de Recursos Humanos y Profesionalización de Personal es la responsable de ejecutar la política de recursos humanos conforme los lineamientos del Director General y administrar el recurso humano del Instituto, conforme los objetivos de lograr el pleno goce de los derechos laborales, la integración del personal y el desarrollo profesional mediante una carrera cuyo objetivo sea el desarrollo institucional de servicio.

La Subdirección de Apoyo Administrativo y Logístico es la responsable de brindar apoyo al Director General, Subdirector General, Subdirecciones, Departamentos, Unidades, Centros Migratorios y cualquier otra entidad institucional para que puedan contar con los equipos, bienes, suministros, servicios necesarios y coordinación de procesos de logística para cumplir con sus funciones.

La Subdirección de Recursos Humanos y Profesionalización de Personal es la responsable de ejecutar la política de recursos humanos conforme los lineamientos del Director General y administrar el recurso humano del Instituto, conforme los objetivos de lograr el pleno goce de los derechos laborales, la integración del personal y el desarrollo profesional mediante una carrera cuyo objetivo sea el desarrollo institucional de servicio.

La Subdirección de Recursos Tecnológicos, Comunicaciones e Informática es la responsable de administrar todo lo relacionado con bases de datos, redes, equipos de cómputo, telecomunicaciones y sistemas informáticos necesarios para el adecuado, moderno y óptimo funcionamiento de los sistemas y componentes automatizados del Instituto.

Auditoría Interna, es la responsable de efectuar exámenes objetivos y sistemáticos de las operaciones financieras, administrativas, técnicas y operacionales de todas las dependencias que integran el Instituto, con el propósito de evaluar los procedimientos, controles internos y registros, así como velar por el cumplimiento de las leyes, reglamentos, normas y manuales que rigen al mismo, sugiriendo medidas tanto preventivas como correctivas a efecto de optimizar la utilización de los recursos.

El Departamento de Comunicación Social es el responsable de asesorar, elaborar, proponer, establecer y ejecutar las estrategias de comunicación social del Instituto.

El Departamento de Estudios y Políticas Migratorias, es el responsable de asesorar y desarrollar propuestas de políticas migratorias para someterlas a consideración del Director General del Instituto.

El Departamento de Estadística y Archivos es el responsable de generar estadísticas relacionadas a los flujos migratorios y de los diferentes servicios que se prestan en el Instituto. También será el responsable de la
conservación y administración de todos los archivos conforme las reglas archivísticas.